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通过对武汉新型冠状病毒与2003年非典，即严重急性呼吸综he征（SARS）的冠状病毒（SARS-CoV）、中东呼吸综he征冠状病毒（MERS-CoV）进行全基因组比对，广州肺炎指数发现，新病毒与后两者平均分别达到70%和40%的序列相似性。其中不同冠状病毒与宿主细胞作用的关键spike基因（编码S-蛋白），有更大的差异性。
此前，多家研究机构在基因库网站GISAID联合公布了武汉不明肺炎感染个案的基因排序。依此做基因排序比较发现，与之最接近的是浙江舟山蝙蝠类SARS冠状病毒。
现有证据尚不能直接推导出蝙蝠即是本次病毒传染源这一观点，而蝙蝠所携带的前体病毒如何基因变异，再传染给人类，应当是调查关键。
虽然武汉新型冠状病毒S-蛋白中与人体ACE2蛋白结合的5个关键氨基酸有4个发生了变化，但变化后的氨基酸，却在整体性上维持了SARS-CoV的S-蛋白与ACE2蛋白互作的原结构构象。
对此，尽管武汉新型冠状病毒的新结构与ACE2蛋白互作能力，由于丢失了少数氢键有所下降，但仍然达到很强的结合自由能。经比对发现，新型冠状病毒和过往已知的所有其他病毒相比，最高的相似度仅有88%。
具体来说，新型冠状病毒与南京jun区军事医学研究所发布的菊头蝠（分于2017年、2015年在舟山捕获）所携带的病毒有12%的序列差异；与武汉病毒研究所在中华菊头蝠（于2013年在云南捕获）所携带的病毒有20%左右的序列差异；与2003年的SARS病毒也有20%左右的序列差异。
从进化起源和病毒的亲缘关系上来说，此次的新型冠状病毒，与SARS病毒的相似程度为80%，因此应归入“SARS样”或者“类SARS”的冠状病毒。它们与SARS同属于2b组的Beta冠状病毒。
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